Wadą złożenia wniosku CIP w porównaniu z odrębnym, niezależnym zgłoszeniem jest to, że każdy patent powstały na podstawie wniosku CIP będzie miał okres obowiązywania określony na dzień złożenia wcześniej złożonego pierwotnego zgłoszenia patentowego. Data złożenia późniejszego wniosku CIP nie jest brana pod uwagę. W CIP okres patentowy jest, mówiąc najprościej, skrócony.
Aplikacja nadrzędna jest używana jako Wcześniejszy Rodzaj:
Fakt, że nic nie stoi na przeszkodzie, aby ujawnienia zawarte we wniosku macierzystym mogły zostać wykorzystane jako stan techniki w przypadku nowych roszczeń we wniosku CIP, jeśli między podmiotem macierzystym a wnioskiem CIP upłynie więcej niż rok, jest kolejnym powodem, dla którego wnioski CIP nie są lepsze od fabrycznie nowych niezależnych wniosków patentowych.
Roszczenia CIP mogą być ograniczone przez wniosek nadrzędny:
Innym problemem związanym z aplikacjami CIP jest to, że zazwyczaj wszelkie uzasadnienia i twierdzenia zawarte w aplikacji nadrzędnej będą wykorzystywane w ograniczony sposób do interpretacji języka roszczeń aplikacji CIP. To nie zawsze ma znaczenie. Tej możliwej wady można jednak uniknąć, składając drugie zgłoszenie patentowe.
Macierzyste zgłoszenia patentowe, z których wniosek patentowy CIP zapewnia pierwszeństwo, mogły zostać złożone przed początkiem obowiązywania ustawy America Invents Act (AIA) w połowie marca 2013 r. Zgłoszenie patentowe CIP, jeśli zostało złożone po połowie marca 2013 r., traci ten status, nawet jeśli rodzic został złożony przed AIA. Kontynuacja zgłoszenia patentowego dziedziczy datę pierwszeństwa zgłoszenia macierzystego i zachowuje status sprzed AIA, jeśli zgłoszenie nadrzędne było przed AIA.
Kolejnym powodem, dla którego należy unikać składania wniosku w ramach procedury CIP, jest fakt, że każdy patent powstały na podstawie wniosku w ramach procedury CIP będzie zazwyczaj podlegał tym samym argumentom, które przedstawiono w pierwotnym zgłoszeniu patentowym. W sprawie Trading Technologies przeciwko Open E Cry (30 sierpnia 2013 r., Fed. Cir.) przedmiotowy patent dotyczył oprogramowania handlowego, a mianowicie funkcji „statycznej”. Poprzez znaczną modyfikację specyfikacji i usunięcie słowa „statyczny” ze zbioru zastrzeżeń, właściciel patentu podjął próbę usunięcia ograniczenia „statycznego” z zastrzeżeń zawartych w zgłoszeniu CIP. Ponieważ patent macierzysty został przyznany wyłącznie na tej podstawie, sąd rejonowy stwierdził, że zastrzeżenia wynalazku powstałego na podstawie zgłoszenia CIP ograniczają się do cechy statycznej.